למרות התדמית הסולידית שנוצרה להשקעה באגרות חוב, כרוכים בה גם סיכונים שחשוב להכיר. ניתן לחלק את הסיכונים למספר מישורים, החל מרמת האיגרת ועד לרמת השוק:  

1. סיכון מח"מ: מח"מ הוא משך החיים הממוצע של האיגרת. כמו בכל הלוואה שאתם נותנים, ככל ש"תראו את הכסף" מאוחר יותר, כך גדלים הסיכון וחוסר הוודאות שלכם. בנוסף, כשמדובר במשך זמן ארוך יחסית, כוח הקנייה של הכסף שלכם עלול להישחק עקב אינפלציה במשק.

2. סיכון אשראי: סיכון זה מתייחס לאפשרות שהגוף המנפיק לא יעמוד בהתחייבותו לפירעון ההלוואה. כל השקעה בחברה מסוימת כרוכה בסיכונים הקשורים לאופי הפעילות שלה, כגון גובה ההתחייבויות שהיא נושאת, ההון העצמי שברשותה והסביבה התחרותית שבה היא פועלת. גם מדינות בעלות דירוג אשראי נמוך חשופות לסיכון זה.

3. סיכון ענפי: סיכון זה מתייחס בעיקר לאג"ח קונצרניות (המונפקות על ידי חברות ותאגידים). לכל ענף במשק יש את הסיכונים הייחודיים לו. כך למשל,  בענף הנדל"ן ייתכנו תקופות של האטה במשק, בהן חברות הבנייה יתקשו לגייס אשראי מהבנקים לפרויקטים חדשים או למכור דירות חדשות ברווח עקב ירידה כללית בביקוש, מה שיסכן את יכולתן לעמוד בהתחייבויות. במצב זה, החברות הלוות יבטיחו לכם אחוז ריבית גבוה כדי לפצות על הסיכון.

4. סיכון שוק: כאשר הריבית במשק עולה, נוצרות הזדמנויות השקעה כדאיות יותר, העלולות להוריד את הביקוש לאג"ח שבידכם, ואת מחירה בהתאם. השקעה באג"ח צמודות מטבע כרוכה בסיכון שוק נוסף – ירידה בערך המטבע, שכן ערך האיגרת ירד יחד עם ערך המטבע.

ככלל, ניתן לומר שככל שאג"ח נחשבת למסוכנת יותר, כלומר שסיכויי החזרתה נמוכים יותר, הגוף המנפיק יבטיח עבורה ריבית גבוהה יותר, כפיצוי על הסיכון.